Si sólo tienes dos átomos de H, nada más, entonces las únicas fuerzas que actúan son la gravedad y el fuerzas interatómicas en particular, la fuerza de van der waals (obsérvese la diapositiva 5, que dice que el potencial de van der waals es aplicable a los gases monatómicos). La fuerza de Van der Waals varía en función de la sexta potencia inversa, por lo que será cero hasta que los átomos de hidrógeno estén bastante cerca, de modo que la débil gravedad hará la mayor parte del trabajo hasta entonces.
Por tanto, debes establecer tu potencial alrededor del centro de masa del sistema con U incluyendo los potenciales gravitatorio y de van-der-waals. Para todas las distancias, excepto las más cercanas, prepárate para una dinámica muy lenta.
Si no sabes utilizar los potenciales, toma el negativo de la derivada del potencial para el van der waals y luego añade la fuerza de la gravedad, ambas actuando en la misma dirección.