Necesitas tener un par periódico (un "tick") que tengas razones para creer que es al menos tan estable como la precisión que necesitas medir.
Por ejemplo, la salida/puesta del sol es un periodo natural que la gente ha utilizado desde el principio. Es fácil contar los días. Más tarde, la gente construyó otro tipo de dispositivos que tenían periodos de (digamos) 1 segundo, y descubrió que el número de ticks entre un "mediodía" y otro no es uniforme, sino que varía a lo largo del año y se promedia a lo largo de un año y luego el ciclo se repite. Sin un "tick" más preciso con el que medirlo, ¡no se podía saber!
Con el tiempo, se observó que los relojes atómicos eran más precisos que el periodo regular de rotación de la Tierra, que cambia estacionalmente debido a las diferencias en los patrones de viento (!), tiene saltos repentinos debido a los terremotos, y se ralentiza gradualmente en general. No habría forma de saberlo si sólo se tuviera un reloj de pie mecánico, aunque estuviera cuidadosamente ajustado para que no sólo mostrara exactamente el número correcto de segundos en un año natural, sino que la oscilación del péndulo se viera en fase, por lo que aparentemente es preciso en una fracción de segundo a lo largo de un año.
El reloj atómico es lo suficientemente preciso como para que obtengas resultados extraños si no sigues el protocolo correcto. Recuerdo una anécdota de alguien que fue perezoso y conectó la señal por cable en lugar de bajar físicamente el reloj por las escaleras para colocarlo justo al lado de lo que se estaba midiendo. Alguien que trabajaba en un laboratorio de normas explicó que los protocolos incluían sentarse en la silla justo a la derecha, con ambos brazos en los reposabrazos y las manos en los rectángulos marcados, antes de leer la medición.
En los relojes modernos más precisos, la razón para creer que es exacto y no se ve afectado por cosas que no tenemos en cuenta es la simplicidad. Medir el comportamiento de un átomo más que una máquina compleja, puede aislarse y todo lo que le afecte tiene que ser bastante fundamental.