Medición de la superficie accesible al disolvente de macromoléculas a partir de una solución

Question

En Superficie accesible al disolvente (SASA) es una métrica valiosa para estudiar el plegamiento de proteínas y las interacciones proteína-proteína. Sin embargo, esta medición suele realizarse calculando el SASA a partir de una estructura resuelta (y generalmente estática).

Las sondas químicas como la diazirina y los radicales hidroxilo muestran cierto sesgo en cuanto al lugar al que tienden a unirse. Mientras escribo esta pregunta me doy cuenta de que la RMN es un método perfectamente válido para determinar una estructura basada en una solución y luego calcular la SASA. También se han utilizado estrategias similares para examinar ARN estructurados. Tengo curiosidad por conocer la variedad de estos métodos y su precisión.

Answer 1

Como ha señalado, la superficie accesible al disolvente es un concepto geométrico y, como tal, se calcula más fácilmente utilizando herramientas de geometría computacional a partir de una estructura molecular (o cristalina) determinada. La forma de obtener esta estructura atomística (rayos X, neutrones, simulación molecular, RMN, ) tiene, por supuesto, una importancia significativa para el área resultante, pero el método de cálculo será el mismo.

Sin embargo, existen unos pocos estudios que han intentado relacionar la superficie accesible al disolvente con propiedades directamente medibles y, en particular, con propiedades espectroscópicas. Una rápida búsqueda en la bibliografía revela tres ejemplos:

• Amida H/ 2 Espectrometría de masas MALDI-TOF de intercambio de H
• UV Raman directamente sobre los residuos expuestos
• Usando diazirina como sonda