En efecto, la conductividad térmica es mejor para las piedras que para el epoxi. Wikipedia da 2,8W/(K m²) para el granito frente a 0,2W/(K m²) para el epoxi. La conductividad térmica puede aumentarse añadiendo algún material, pero un compuesto de encapsulado no debe ser conductor de la electricidad, lo que prohíbe metales, grafito, etc. La mayoría de los compuestos aislantes para encapsulado de este tipo tienen un valor en torno a 0,8W/(K m²), pero también he encontrado un compuesto a base de silicona con 5,0W/(K m²).
Sin embargo, creo que el precio también juega un papel importante. Incluso el epoxi normal cuesta algo de dinero, el material conductor del calor más, y esos 5,0 W/(K m²) son sin duda muy caros. En cambio, supongo que los guijarros de esa foto cuestan menos de un céntimo.