A menudo ocurrirá, pero no necesariamente. Cuando la característica que se elimina constituye la mayor parte del primer PC, entonces básicamente se está haciendo PCA en todo lo demás. En nuevo primer PC estará cerca del segundo PC original y su fracción de la varianza total podría ser casi cualquier cosa $1/(d-1)$ o mayor cuando hay $d-1$ variables a la izquierda. Para $d\ge 3$ esto plantea la posibilidad de una disminución de la proporción de varianza.
Elaboremos, pues, el ejemplo más pequeño posible, y hagámoslo sencillo. Empiezo con un gran vector $(10,0,0)^\prime.$ Ahora una dos vectores simples más pequeños, digamos
$$X = \pmatrix{10&0&0\\0&1&1\\0&1&-1}.$$
Si se aplica directamente el ACP a esta matriz (sin centrado ni escalado), se observa que el primer PC representa $100/(100+2+2) \approx 96.15\%$ de la varianza total. Al eliminar la primera columna se obtienen dos columnas ortogonales de igual tamaño con dos PC cada una (por lo tanto) que contribuyen $50\%$ al total.