La energía cinética no se ignora. Cada estado cuantizado (etiquetado por el número cuántico vibracional) tiene una energía total dada por el valor de expectativa del operador Hamiltoniano para la función de onda. La contribución de la energía cinética puede calcularse como el valor esperado del operador de energía cinética QM, o como la diferencia entre los valores esperados de la energía total y la energía potencial.
Como las matemáticas son más sencillas, limitaré la discusión al oscilador armónico (es decir, al potencial cuadrático). Para el oscilador armónico QM el valor esperado de la energía potencial resulta ser $$\left< E_\text{pot} \right> =\frac12 \left(v+\frac12\right)\hbar \omega=\frac12 E_\text{tot}$$ El valor esperado de la energía cinética es entonces $$\left< E_\text{KE}\right>=E_\text{tot}-\left< E_\text{pot} \right>= \left< E_\text{pot} \right>$$
Así que resulta que los valores de energía cinética y potencial tienen valores de expectativa idénticos, consistentes con la predicción del teorema virial para un potencial cuadrático. Todo esto se describe muy bien, por ejemplo, en el libro de texto de química física de Atkins.
Es difícil saber qué niveles de energía aparecen en el diagrama, pero es muy posible que correspondan al total energía dada por $ E_\text{tot} = \left(v+\frac12\right)\hbar \omega$ .