Como ha indicado en los comentarios, el SS tipo I ( aov()
) frente al III (SPSS) es, efectivamente, una de las razones de los diferentes resultados. La otra razón es que su fórmula para aov()
es incorrecto, ya que el Error()
el término que has utilizado es el de dos factores cruzados dentro - mientras que tú tienes uno entre ( group
) y uno dentro de ( phase
). Aquí hay un ejemplo reproducible sobre cómo replicar los resultados de SPSS en R. Primero SS tipo I con aov()
:
set.seed(23) # make reproducible
Nj <- c(22, 34) # number of subjects in control and experimental group (unbalanced)
# data frame long format -> make sure subject, group and phase are factors
dfL <- data.frame(subject=factor(rep(1:sum(Nj), times=2)),
group=factor(rep(rep(c("A", "B"), times=Nj), time=2)),
phase=factor(rep(1:2, each=sum(Nj))),
value=round(rnorm(2*sum(Nj), rep(c(-0.5, 0.5), each=sum(Nj)), 2), 3))
summary(aov(value ~ group*phase + Error(subject/phase), data=dfL))
resultados en:
Error: subject
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
group 1 0.81 0.812 0.198 0.658
Residuals 54 221.72 4.106
Error: subject:phase
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
phase 1 29.04 29.040 8.747 0.00459 **
group:phase 1 5.80 5.799 1.747 0.19188
Residuals 54 179.28 3.320
Ahora SS tipo III usando Anova()
del paquete car
. Asegúrese de utilizar la codificación del efecto en lugar de la codificación del tratamiento, ya que el tipo III de SS lo requiere.
# effect coding
options(contrasts=c(unordered="contr.sum", ordered="contr.poly"))
# data frame in wide format
dfW <- reshape(dfL, direction="wide", v.names="value", timevar="phase",
idvar=c("subject", "group"))
library(car) # for Anova()
fitSPFpq <- lm(cbind(value.1, value.2) ~ group, data=dfW)
inSPFpq <- data.frame(phase=gl(2, 1))
AnovaSPFpq <- Anova(fitSPFpq, idata=inSPFpq, idesign=~phase, type="III")
summary(AnovaSPFpq, multivariate=FALSE, univariate=TRUE)
da
Univariate Type III Repeated-Measures ANOVA Assuming Sphericity
SS num Df Error SS den Df F Pr(>F)
(Intercept) 1.7844 1 221.72 54 0.4346 0.51256
group 0.8118 1 221.72 54 0.1977 0.65834
phase 22.5410 1 179.28 54 6.7896 0.01182 *
group:phase 5.7985 1 179.28 54 1.7466 0.19188
... lo mismo que el SPSS.
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¿Qué ha pasado con el uso de la vieja Dremel con un disco de corte?