Mis dos centavos: Palabras como electrones y neutrones no son más que una forma abreviada de resumir un conjunto de propiedades físicas (incluida la masa) que posee cada una de las diferentes partículas del modelo estándar. Lo que es realmente un electrón, obviamente, no lo sé.
Con el tiempo, supongo que el propio MS se modificará, pero el MS no es realmente una colección de bloques de construcción del universo 100% seguros. Es una lista de propiedades físicas, como la masa y la carga.
La física no trata de lo que las cosas son "realmente". Se trata de aprender todo lo posible sobre las propiedades que poseen o muestran estas partículas (actualmente consideradas) elementales, tanto mediante la teoría como mediante la experimentación, y luego hacer predicciones que ayuden a refinar nuestra comprensión de estas propiedades.
Por ejemplo, si descubrimos las partículas que posiblemente componen la materia oscura, o las fuerzas que causan la energía oscura, la física seguirá sin saber qué "son" realmente la realidad y la materia, pero la física no está diseñada para descubrir eso.
Es una ciencia basada en las propiedades de las cosas, no en las cosas mismas. Quizá nunca sepamos si un electrón es un concepto enteramente matemático, o si existe una pequeña pepita de algo "real", que podamos relacionar con el mundo clásico. Sólo podemos medir una propiedad o efecto de una partícula elemental, eso es todo lo que podemos decir sobre ella.
Para mí que estás haciendo una pregunta filosófica u ontológica, pero no una pregunta de física. Digo esto porque por "materia" te refieres a algo que podemos tratar en términos clásicos, pero mientras la física se ciña a las propiedades que podemos medir, en realidad no tenemos que preocuparnos por lo que realmente produce las propiedades.
EDITAR Mis más sinceras disculpas, ahora me doy cuenta de que la pieza anterior errante y repetitivo fue escrito para mí mismo, para aclarar aspectos básicos de la física que son cegadoramente obvio para la mayoría de los otros usuarios. Muchas gracias por hacer la pregunta, me ha ayudado a entender el papel de la física. FIN EDICIÓN.