Son sólo los electrones de los átomos en el anillo que cuentan al aplicar la regla de Huckel. Los electrones de los sustituyentes en el anillo sólo se conjugan de forma cruzada con el sistema π aromático. Cuando se piensa en ello en términos de teoría de orbitales moleculares perturbacionales, los electrones de los sustituyentes asumen la parte de una perturbación para el sistema aromático del anillo.
La razón de utilizar sólo los electrones del anillo se remonta al origen de la aromaticidad. Observe los niveles de energía de los orbitales π del benceno (figura tomada de la página 36 de Fleming, Orbitales moleculares y reacciones químicas orgánicas, Edición de referencia ):
Toma, $\alpha$ es la energía de un orbital p aislado y $\beta$ es la energía de estabilización del enlace π en el etileno. Puedes ver que para el benceno obtienes la mejor estabilización si tienes 6 electrones π ( $4n + 2$ para $n=1$ ) en el sistema porque entonces se llenan las MO estabilizadas $\psi_1$ , $\psi_2$ y $\psi_3$ que son más bajos en energía que un orbital p aislado y ganan la máxima energía de estabilización posible. Si tuvieras más electrones en el sistema tendrías que llenar los MOs desestabilizados $\psi^{*}_{4}$ , $\psi^{*}_{5}$ y $\psi^{*}_{6}$ que costaría mucha energía debido a la gran diferencia de energía entre los MO de enlace y antienlace.
Ahora bien, ¿qué ocurre si se añade al anillo un sustituyente de conjugación cruzada? Esto puede verse en el diagrama (Huckel-)MO del estireno (Fleming, p 71).
Los principales efectos del sustituyente son que las degeneraciones de algunos orbitales se levantan y que las energías orbitales se desplazan un poco, especialmente las de HOMO y LUMO son de interés. En el caso del estireno, el HOMO tiene una energía más alta y el LUMO más baja que en el caso del benceno. Ahora hay 4 niveles de energía estabilizados en lugar de 3 - cualquier electrón que ocupe uno de esos niveles conducirá a una estabilización de la molécula. Pero eso está muy bien ya que obtienes 2 electrones del sustituyente que querrán ocupar uno de los 4 niveles y eso te deja con 3 niveles que tienen que ser ocupados por los electrones del anillo. Así, tu sistema será más estable si el sistema π del anillo contiene 6 electrones, exactamente como en el benceno. Más de 6 electrones conducirán a la desestabilización, ya que todavía hay una brecha HOMO-LUMO bastante grande (aunque es menor que en el benceno).
El argumento que expuse para el estireno seguirá siendo válido para otras moléculas con distintos sustituyentes (como la anilina). El esquema de MO de la anilina será un poco diferente, pero las características esenciales deberían ser las mismas.