Para mayor seguridad, compruebe que todas las clases de elementos originales y copiadas tienen atributos y geometría idénticos antes de eliminar los originales. Aquí tienes una sencilla utilidad de Python para hacerlo. También puede configurar la herramienta para producir un informe csv sobre las diferencias.
import arcpy, os
# The original and the duplicate workspaces
ws1 = r'C:\temp\test1.gdb'
ws2 = r'C:\temp\test2.gdb'
arcpy.env.workspace = ws1
fcs = arcpy.ListFeatureClasses()
bad_list = []
for fc in fcs:
original = os.path.join(ws1, fc) # Not really necessary, except for symmetry
copy = os.path.join(ws2, fc)
compare_result = arcpy.FeatureCompare_management(original, copy, "OBJECTID")
if compare_result.getOutput(1) == 'false':
bad_list.append(fc)
if len(bad_list) > 0:
print "%s fc's are not identical" % len(bad_list)
print bad_list
else:
print "All of the fc's are identical"