Estoy pensando en un caso concreto para intentar fijar algunas ideas.
Supongamos que $ S = \frac{k[x,y,z]}{(x^{2}+y^{2}-z^{2})}, $ y $ S $ se clasifica de forma natural. Un punto de $ \text{Proj}(S) $ que no está cerrado es el punto genérico $ (0) $ porque $ \overline{(0)} = \text{Proj}(S). $ ¿Hay otros puntos no cerrados?
Reconozco que los puntos cerrados de $ \text{Proj}(S) $ corresponden a puntos de $ V(x^{2}+y^{2}-z^{2}), $ y a pesar de saber que los ideales maximales corresponden clásicamente a puntos, siento que esquema-teóricamente, no veo realmente por qué.
En cuanto a los conjuntos abiertos homogéneos distinguidos:
$ D_{+}(z) = \text{Spec}\Big[S \Big[\frac{1}{z}\Big]\Big]_{0} = \text{Spec}\frac{k[\frac{x}{z},\frac{y}{z}]}{\Big(\frac{x^2}{z^2} + \frac{y^2}{z^2} -1 \Big)}. $
Así que el $ D_{+}(f) $ es una cónica para $ f \in S_{+}, $ y, en particular, cuando $ \text{deg}(f) = 1. $