Utilizando la teoría de ondas de Airy, se puede deducir la relación de dispersión de las ondas de agua (bajo algunos supuestos físicos): $$ \omega^2 = gk\tanh{kh} $$ donde $k$ es el número de onda, $h$ la distancia entre la superficie en reposo y el fondo del mar, y $g$ es la atracción gravitatoria de la Tierra. Bajo la aproximación de $h>\frac{\pi}{k}$ ("aproximación de aguas profundas"), se obtiene que $$ \omega \approx \sqrt{gk} $$ y bajo la aproximación de $h < \frac{\pi}{10k}$ ("aproximación de aguas poco profundas"), se obtiene $$ \omega \approx \sqrt{gh}|k| $$ (resultados obtenidos de wikipedia).
¿Cómo se concilia esto con la intuición? Yo esperaría que las ondas de agua actuasen de forma más extraña en aguas poco profundas, ya que tenemos más efectos límite del fondo del mar (reflejos y esas cosas), mientras que en aguas profundas, estos efectos decaen antes de llegar a la superficie.