ArcGIS Online no disponía anteriormente de una entrada para códigos HEX, pero siempre se podía recurrir a sitios web como http://www.colorschemer.com/online.html para convertir un código HEX que ya conozca o una combinación RGB que tenga en ArcGIS para encontrar el código HEX.
Sin embargo, como comenta @blord-castillo:
ArcGIS Online acepta ahora colores personalizados en notación hexadecimal. Haga clic en en el símbolo del polígono y aparecerá un cuadro de texto debajo del color donde se puede introducir un código hexadecimal. No estoy seguro de cuándo se añadida.