Sea $\hat d$ y $\hat u$ sean vectores unitarios en sentido descendente y ascendente.
Mirando la derivación correcta que has hecho abajo $\hat d$ como positivo y el desplazamiento de la masa desde la posición de equilibrio es $x \hat d$ lo que lleva a que la velocidad sea $\dot x \hat d$ y siendo la aceleración $\ddot x \hat d$ .
Así que su ecuación de movimiento es $mg \hat d - ks \hat d - kx \hat d - c \dot x \hat d = m \ddot x \hat d \Rightarrow m\ddot x \hat d + c \dot x \hat d + k \hat d = 0$
Pasar de tener abajo como positivo a tener arriba $\hat u$ como positivo todo lo que tienes que hacer es notar que $\hat d = - \hat u$ y sustituir por $\hat d$ en la ecuación que se derivó fue teniendo abajo como positivo.
Verás que obtienes la misma ecuación de movimiento.
Entonces, ¿qué había de malo en tu derivación de la izquierda?
Hiciste que el desplazamiento de la masa $-x \hat u$ y la velocidad de la masa $- \dot x \hat u$ pero en lo que fallaste fue en hacer que la aceleración $-\ddot x \hat u$