Después de @cansado y utilizando dos identidades integrales conocidas, podemos calcular la integral. Fijemos $r > 0$ y considerar $I$ definido por
$$I(t) = \int_{0}^{\infty} \frac{\cos (tq) J_1 (rq)}{1+q^2} \, dq. $$
En el intervalo $(0, r)$ satisface la siguiente 2ª EDO
$$ I(t) - I''(t) = \int_{0}^{\infty} \cos(tq)J_1(rq) \, dq, \qquad I(0) = \int_{0}^{\infty} \frac{J_1 (rq)}{1+q^2} \, dq, \quad I'(0) = 0. $$
Tenemos dos integrales desconocidas adicionales, pero se pueden calcular utilizando DLMF 10.22.59 y DLMF 10.22.46 para $0 < t < r$ ,
$$ \int_{0}^{\infty} \cos(tq)J_1(rq) \, dq = \frac{1}{r} \quad \text{and} \quad \int_{0}^{\infty} \frac{J_1 (rq)}{1+q^2} \, dq = \frac{1}{r} - K_1(r) \tag{*}$$
Así pues, el problema se reduce a resolver
$$ I(t) - I''(t) = \frac{1}{r}, \qquad I(0) = \frac{1}{r} - K_1(r), \quad I'(0) = 0. $$
Ahora bien, la solución general de esta ecuación es de la forma
$$ I(t) = \frac{1}{r} + A \cosh t + B \sinh t $$
y aplicando la condición inicial se obtiene $A = -1$ y $B = 0$ . Por lo tanto
$$ \int_{0}^{\infty} \frac{\cos (tq) J_1 (rq)}{1+q^2} \, dq = \frac{1}{r} - K_1(r) \cosh t, \qquad 0 < t < r. $$
p.d. Me encantaría ver una solución autónoma ya que no entiendo muy bien $\text{(*)}$ .