En realidad, no puedes elegir ninguno de los dos porque, como profesional de los SIG, los datos te llegarán en un millón de formatos diferentes y tendrás que manejarlo todo. Por eso GDAL/OGR tiene tantos algoritmos de traducción. Y lo que es más importante, ninguno de los dos formatos es una forma "bonita" de gestionar y almacenar datos SIG. Para una verdadera gestión de datos SIG, hay que utilizar uno de los formatos de base de datos espacialmente habilitados. Shapefiles y GML son ahora realmente formatos de conveniencia y ambos deben ser tratados como tales.
Algunos pensamientos más al azar:
- El formato shapefile es muy antiguo y a menudo está mal implementado, lo que en algunos casos da lugar a datos deficientes. A este respecto, un alto cargo de ESRI (los creadores originales del shapefile) me llegó a decir que desearían que el formato shapefile muriera, pero está tan extendido como formato de transferencia de datos que tiene vida propia. GML es más reciente... y a menudo está igual de mal implementado...
- El Shapefile es la lingua franca de los SIG vectoriales desde los años 80 y, por tanto, está más aceptado que el GML, razón por la cual sigue siendo uno de los formatos de transferencia de datos más habituales.
- Los shapefiles son binarios y GML es texto, por lo que, a medida que aumenta el volumen de datos, el shapefile puede ser más pequeño, aunque GML responde bien a la compresión (especialmente cuando se eliminan los espacios en blanco redundantes) y es legible por humanos (lo que nunca me ha parecido una gran ventaja en la práctica).
- El formato GML puede ser farragoso y no es del agrado de todos los especialistas en SIG. Como prueba anecdótica, he mantenido muchas conversaciones sobre este tema con personas, incluidos desarrolladores de alto nivel de ESRI, que han afirmado preferir el formato KML a GML (habiendo abierto ESA caja de Pandora, me alejaré de la discusión).
- GML es un archivo único y es menos probable que se pierdan fragmentos por el camino (no puedo contar el número de veces que me han dado sólo la parte '.shp' de un shapefile, un error comprensible dado el nombre).
- GML no tiene ninguna ventaja especial en la web, ya que la mayoría de los sistemas de cartografía web son igual de felices con una base de datos o un shapefile, y para una aplicación de alto rendimiento, la base de datos es el camino a seguir.
Podría divagar con otros pros y contras, pero en realidad mi primer párrafo lo dice todo. Yo trataría ambos formatos como un medio para compartir datos más que como parte de un sistema de gestión de archivos de datos de IG.