En general, descartar el método X es mucho más difícil que el propio método X, por lo que no hay que esperar necesariamente que para cualquier método que no funcione se pueda encontrar un "certificado" que establezca su insuficiencia. Dicho esto:
Hay muchos entornos (anillos) en los que la ecuación algebraica de FLT tiene sentido, pero tiene solución. Si los ingredientes del método X se aplican en uno de esos entornos, no están utilizando propiedades suficientemente específicas de los números enteros para demostrar la FLT. Es bien sabido que si Método X = congruencias (reducción modulo $t$ para diferentes valores de $t$ ), entonces este argumento funciona en anillos de $p$ -números arcaicos en los que FLT tiene soluciones. Del mismo modo, si el método X = desigualdades, entonces tendría que descartar las soluciones reales positivas de $x^n + y^n = z^n$ .
Otra posibilidad, que requiere muchos más conocimientos, sería utilizar las estrechas relaciones entre FLT y las curvas elípticas (Frey, Wiles, etc) para proyectar el método X sobre el lienzo de la prueba de Wiles y ver cuánto de él puede entenderse y delimitarse en esos términos. Podría ser que X esté intentando construir objetos no triviales de cierto tipo (especialmente clases de cohomología) y que uno pueda ver a la luz de los métodos de Wiles que las clases relevantes son cero, que las extensiones de campo o coberturas necesarias son triviales, que no se eliminan obstrucciones importantes, etc. Este enfoque se mantiene dentro de entornos en los que la FLT es cierta, pero intenta subsumir el método X dentro de las líneas de ataque existentes, y mostrar que sólo incluye una parte de lo que se necesita.
Otra idea es la "matemática inversa", para representar el Método X como derivaciones formales en algún sistema débil Y de aritmética, y mostrar que FLT es de mayor fuerza teórica de la prueba (porque implica todos los teoremas de un sistema aún más fuerte Z). Esto es improbable porque el FLT es un enunciado demasiado especializado y las calibraciones teóricas de la fuerza sólo funcionan para teoremas razonablemente genéricos con muchos parámetros que se pueden variar.
EDIT: Debo añadir que cada uno de estos enfoques ha sido perseguido para demostrar que el problema P=NP no tiene soluciones elementales. El teorema de Baker-Gill-Solovay demostró que existen entornos (oráculos) en los que P=NP tiene una respuesta diferente, pero los métodos sencillos de demostración seguirían funcionando. El artículo de Razborov-Rudich "pruebas naturales" demostró que cualquier prueba que compartiera ciertas características de todos los argumentos entonces conocidos (para probar límites inferiores en la complejidad de circuitos) no podría producir límites que crecieran más rápido que cualquier polinomio. Y hay sistemas formales débiles cuya clase más general de lenguajes definibles o funciones construibles es exactamente P o NP; el propio Stephen Cook tiene muchos artículos sobre el enfoque de la lógica/sistemas formales a P=NP.