Nunca he utilizado CAN bus, así que no puedo opinar al respecto. Lo que deja SPI, I2C, TTL serie y USB.
El puerto serie TTL suele funcionar a 115.200 baudios, pero muchos microcontroladores pueden hacerlo a 1 Mb/s o más. Tendrás que comprobar las hojas de datos de tu microcontrolador y ver si puede funcionar a esa velocidad. Obviamente, ambos extremos deben coincidir. La ventaja de la serie TTL es que sólo requiere dos cables.
Al principio, I2C estaba limitado a 100 Kb/s, y después a 400 Kb/s. El estándar más reciente es de 1 Mb/s. Pero es posible que tu microcontrolador tenga una velocidad superior. De nuevo, consulta las hojas de datos. Al igual que la serie TTL, I2C sólo requiere dos cables.
SPI es una raza completamente diferente. En teoría, puede funcionar a 50 Mb/s más o menos. He utilizado uno con una tarjeta SD en un producto comercial a 25 Mb/s sin problemas. El inconveniente es que la interfaz SPI requiere cuatro cables. En realidad, con sólo un esclavo en el bus, no se necesita la línea de selección de chip a menos que sea requerido por la interfaz de hardware. Si sólo estás enviando datos al esclavo, también podrías deshacerte de la línea MISO, si el microcontrolador te permite reasignarla como un pin GPIO. En el caso de que usted está abajo a dos cables, como los demás.
La sobrecarga de firmware para las tres primeras es mínima; la serie TTL es probablemente la más sencilla. I2C y SPI son más o menos lo mismo.
Puedes olvidarte del USB, aunque es potencialmente el más rápido si ejecutas USB 2.0. (USB 1.1 sólo tiene 12 Mb/s, así que ni siquiera se puede comparar favorablemente con SPI en cuanto a velocidad). El primer problema con USB es que necesitas implementar un anfitrión en un lado y un esclavo en el otro. Para ello se necesitan microcontroladores que dispongan de las interfaces, y las interfaces de host USB sólo suelen encontrarse en chips de gama bastante alta. Varios kB de firmware. La buena noticia es que, por lo general, se puede obtener una biblioteca del fabricante. La mala noticia es que tardarás semanas en hacerlo funcionar.
Tendrás que proporcionar tu propia protección ESD en las interfaces. Hay un montón de chips baratos que realizan esta función, como el TPD4E1B06 para 61ȼ en Digi-Key.