Creación de diagramas de perfiles energéticos para su publicación

Question

¿Existen programas informáticos automatizados para crear diagramas de perfiles energéticos como los que se muestran a continuación?

Se podría usar algo como Illustrator o Inkscape, pero no están automatizados, son caros (Illustrator), son difíciles de usar y no serían prácticos para algo con más de una docena de niveles de energía. Estos diagramas no parecen dibujados a mano, pero podría equivocarme.

Lo ideal sería que estuviera escrito en Python, pero algo en LaTeX o TikZ también sería factible.

Más concretamente, creo que este podría mejorarse bastante.

Answer 1

PyEnergyDiagramas

Uso mi propio guión. Lo he publicado en GitHub ahora . Este es el resultado final:

Es bastante fácil de usar, en el readme de GitHub hay un pequeño tutorial. Tienes que crear una instancia de la clase ED y luego añadirle los niveles de energía.

from energydiagram import ED
diagram = ED()
diagram.add_level(0,'Separated Reactants')
diagram.add_level(-5.4,'mlC1')
diagram.add_level(-15.6,'mlC2','last',)
diagram.add_level(28.5,'mTS1',color='g')
diagram.add_level(-9.7,'mCARB1')
diagram.add_level(-19.8,'mCARB2','last')
diagram.add_level(20,'mCARBX','last')

Para añadir los enlaces entre los niveles puedes echar un vistazo a los IDs del nivel usando este el argumento de la función plot show_IDs=True :

diagram.plot(show_IDs=True)

Y entonces puedes usar:

 diagram.add_link(left_ID_levetobelinked,right_ID_levetobelinked)

Exportar a pgf,pdf y svg

Puede exportarlo simplemente guardando el gráfico desde el botón GUI o programáticamente en diferentes formatos para publicaciones utilizando backend matplotlib . Prefiero exportar la trama en .pgf y luego lo importo en el documento LaTeX esto permite un control total sobre las fuentes y la apariencia de la figura.

Para conseguir una mejor calidad hay que cambiar un poco el archivo .pgf autogenerado.

Lo primero que tienes que hacer es encontrar y sustituir - por -.

Después puede seguir el procedimiento en esta respuesta para que el tipo de letra de la figura coincida con el tamaño y tipo de letra del documento.