Estructuras de covarianza en glmmTMB para la autocorrelación temporal

Question

Estoy ejecutando un modelo binomial negativo de efectos mixtos con inflación cero con el paquete glmmTMB en R.

Mi formato actual:

mod1 = glmmTMB(count ~ a + b + offset(c) + (1|d) + (1|e), ziformula= ~a, data = dat, family = nbinom2(link = 'log'))

He observado signos de autocorrelación temporal entre el recuento y la variable "d" (que son años individuales para un conjunto de datos de series temporales). A pesar de haber leído la viñeta de Kasper Kristensen, sigo teniendo problemas para escribir una estructura de covarianza utilizando AR(1) ar1 . ¿Alguno de ustedes tiene alguna sugerencia?

Entiendo que la estructura general es struc(terms|group) . Supongo que "d", o años, será el terms pero no estoy seguro de qué debo utilizar para la variable group ? En otros ejemplos de estructura AR(1), he visto a gente agrupar sólo por años (por ejemplo, form=~year ).

Gracias, Andrew

Answer 1

Probablemente ya hayas encontrado una respuesta, pero para cualquiera que esté intentando hacer una pregunta similar he encontrado algunas respuestas en esta versión actualizada de la viñeta que mencionas "Estructuras de covarianza con glmmTMB" (Kasper Kristensen, 2020-03-15) .

Para su problema concreto, yo utilizaría un identificador único para cada grupo dentro de cada año individual, suponiendo que haya un grupo identificable en su conjunto de datos. Un ejemplo podrían ser los sujetos que se analizan cada año: (1|subject) + ar1(year + 0|subject) donde año y tema son variables factoriales.