Durante mucho tiempo, el artículo de Hironaka fue probablemente la referencia canónica. A finales de los 90 empezaron a aparecer nuevas pruebas que cambiaron realmente la percepción del problema. La motivación era hacer la demostración de Hironaka más constructiva y, en última instancia, hacerla abordable mediante álgebra computacional. Así lo hicieron Schicho y Bodnar en Arce (proyecto de diseño) . (Por supuesto, la complejidad es atroz, pero aún así permite ejecutar ejemplos más allá de lo que uno podría hacer razonablemente a mano).
Dos grupos principales trabajaron en ello a finales de los 90, y ya se ha hecho referencia a ellos en las respuestas anteriores: Bierstone-Milman por un lado, y Encinas-Villamayor y quizás un par de otros por otro (abarcando muchos trabajos). En 2000-2001 se celebró un seminario de un año de duración en Purdue, dirigido por Kenji Matsuki y Andrei Gabrielov, para analizar la prueba de Encinas-Villamayor. Fue una oportunidad para aclarar bastantes cosas en la construcción, y Matsuki publicó sus notas (128 p.) en Arxiv .
En última instancia, esto llevó a Jaroslaw Wlodarczyk a ofrecer la prueba de desingularización más corta (con diferencia, 24 páginas frente a las más de 100 de todos los demás) .
Jaroslaw Wlodarczyk
Resolución Hironaka simple en la característica cero.
J. Amer. Math. Soc. 18 (2005), no. 4, 779--822
Arxiv
Espero que te sirva de ayuda. (Lo siento por el retraso en mi respuesta, sólo se unió a MO último fin de semana).
(Añadido más tarde) ¿Cómo podría olvidarlo? También hay un bonito documento expositivo que abarca todos estos avances. Debería ser muy útil para alguien que intente comprender cómo encajan los distintos trabajos (aunque es anterior al artículo de Wlodarczyk).
H. Hauser
El teorema de Hironaka sobre la resolución de singularidades (o: Una prueba que siempre quisimos entender).
Toros. Amer. Math. Soc. (N.S.) 40 (2003), no. 3, 323--403