Muy buena pregunta. La resistencia debida a los efectos viscosos puede dividirse en dos componentes:
$$D = D_f + D_p$$
donde $D$ es la resistencia total debida a los efectos viscosos, $D_f$ es la resistencia debida al rozamiento de la piel, y $D_p$ es el arrastre debido a la separación (arrastre por presión).
La ecuación anterior demuestra uno de los compromisos clásicos de la aerodinámica. Como mencionas, las capas límite laminares reducen la resistencia por fricción superficial, pero son más propensas a la separación del flujo. Las capas límite turbulentas tienen una mayor fricción superficial pero resisten la separación del flujo.
$$D \quad\quad\quad=\quad\quad\quad D_f \quad \quad\quad+ \quad\quad \quad D_p\quad\quad\quad\quad\quad$$ $$\quad\quad\text{less for laminar}\quad\quad\text{more for laminar}$$ $$\quad\quad\text{more for turbulent}\quad\quad\text{less for turbulent}$$
En términos generales, cuanto más "romo" sea el cuerpo (como una pelota de golf), más probabilidades habrá de reducir la resistencia añadiendo hoyuelos para disparar la capa límite. Las alas de los aviones son menos propensas a la separación, ya que no son tan "romas" y, como resultado, la resistencia por fricción de la piel es más importante.
Para más información, consulte el apartado 4.21 de Introducción al vuelo por John D. Anderson
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Las capas límite laminares y turbulentas son fundamentalmente diferentes en muchos aspectos, pero el aspecto importante para la separación del flujo es lo "lleno" que está el perfil. La figura siguiente es un esquema en el que se compara el perfil de velocidad media de una capa límite turbulenta con el de una laminar. $V$ es la velocidad tangente a la superficie y $\eta$ es la distancia a la superficie. Como puedes ver, para las capas límite turbulentas, el fluido cerca de la pared se mueve más rápido que para el perfil laminar.
Lo que hace que el flujo se separe es un gradiente de presión adverso, o $dp/dx < 0$ donde $x$ es la coordenada a lo largo de la superficie. Generalmente, el fluido se desplaza de alta a baja presión. En el caso de una capa límite que está a punto de separarse, el flujo es localmente pasando de baja a alta presión. La figura siguiente ilustra el efecto que esto tiene en la capa límite. Cuando el flujo cerca de la pared empieza a invertirse, el flujo está empezando a separarse. Debido a que el fluido en una capa límite turbulenta cerca de la superficie se mueve más rápido, una capa límite turbulenta es más capaz de resistir un gradiente de presión adverso que una capa límite laminar.
La mayoría de los objetos diseñados teniendo en cuenta la aerodinámica son delgados. Esto se hace específicamente para reducir el gradiente de presión adverso ( $dp/dx$ ) sobre la superficie del objeto y reducir la posibilidad de separación del flujo.
Las cifras proceden de Fundamentos de aerodinámica por John D. Anderson.