Lo más sencillo sería redirigir la salida o la matriz de correlaciones (utilizando el indicador -r) a un archivo de texto.
r.covar -r map=raster1@PERMANENT,raster2@PERMANENT > covar.txt
Tienes que ejecutarlo desde la línea de comandos de Grass o desde la consola de Grass en GUI para tener la salida en un archivo de texto. La salida es una matriz de covarianza (correlación) simétrica de 2 x 2.
Tenga en cuenta que el archivo de texto se guardará en su directorio actual Grass. Compruébelo en la línea de comandos de Grass.
Si está utilizando script en Python, sería algo como -
import grass.script as gscript
covar = gscript.parse_command('r.covar', flags='r', map=('raster1@PERMANENT','raster2@PERMANENT')
print covar