He estado trabajando con lmer en lme4, y quería construir una curva de densidad de las pendientes producidas por mi modelo (en lugar de sólo intervalos de confianza). La salida del modelo de lmer produce una pendiente y algo denominado "error estándar". Si calculo la desviación estándar a partir del error estándar, la desviación estándar es mucho mayor de lo que habría esperado.
Investigué esto más a fondo utilizando confint para seleccionar 1000 intervalos de confianza aleatorios, y comparando las pendientes obtenidas con una rnorm utilizando tanto lo que calculé que sería la desviación estándar, como el error estándar dado por lmer. Como puede ver, el error estándar está mucho más cerca de las pendientes de los intervalos de confianza aleatorios que de la desviación estándar. ¿Estoy en lo cierto al pensar que lo que se denomina error estándar en la salida de lmer es, al menos para los fines de la distribución de densidad de las pendientes, la desviación estándar?
Algunos ejemplos de código:
library(lme4)
set.seed(123)
#generate random dataset
df <- data.frame(weight=(rnorm(10000, 1, 0.3)),
height=(rnorm(10000, 5, 6)),
species = rep(c("mudkip", "torchic", "treecko"), length.out = 10000))
# model
mod <- lmer(data=df, weight ~ height + (1|species), REML=F)
slope <- coef(summary(mod))[ , "Estimate"][2]
se <- coef(summary(mod))[ , "Std. Error"][2]
sd <- se * sqrt(10000)
# Randomly extract slopes for varying confidence intervals
slope_num <- 1
ci_slope <- c()
for(i in runif(1000)){
ci <- confint(mod,method="Wald", level=i)
lwr <- colnames(ci)[1]
upr <- colnames(ci)[2]
ci_slope_lwr <- ci["height", lwr]
ci_slope_upr <- ci["height", upr]
slope_num <- slope_num + 1
ci_slope <- c(ci_slope, ci_slope_lwr, ci_slope_upr)
}
# Generate rnorms using Std. Error and calculated standard deviation
rnorm_se <- rnorm(1000, slope, se)
rnorm_sd <- rnorm(1000, slope, sd)
# Comparative plots
plot(density(rnorm_se), lwd=2)
lines(density(ci_slope), col="blue")
lines(density(rnorm_sd), col="red") # I can't construct a readable graph that can fit sd with anything else