Hay proteínas con intrínseca simetrías . Por ejemplo:
Me preguntaba cómo utilizar transformaciones tales como: rotaciones, traslación, replicaciones para construir posibles estructuras utilizando 2 tipos de proteínas.
Supongamos que he encontrado un sitio de unión de las 2 proteínas utilizando simuladores de Dinámica Molecular.
Por ejemplo el anterior y este:
- ¿Puedo utilizar la teoría de grupos para encontrar posibles configuraciones de las 2 proteínas?
- ¿Cómo puedo utilizar el producto tensorial de los grupos de simetría ( $G_1 \times G_2$ ) para encontrar posibles estructuras?
- ¿Qué gráfico/marco recomendaría para realizar todas las manipulaciones sobre las proteínas?
- ¿Es posible utilizar el transferencia para crear alguna estructura algebraica que ayude a construir configuraciones mecánicas compuestas de proteínas?
- ¿Existe alguna herramienta de Laboratorio Baker que puedo utilizar para esta tarea?
- Amy recomendación de una herramienta que podría utilizar para replicar, rotar y cambiar la estructura sería apreciada nosotros también.
TL;DR :
Mi objetivo es utilizar la teoría de grupos o la simulación Monte Carlo impulsada por el conocimiento de la teoría de grupos para crear macroestructuras moleculares utilizando múltiples (docenas) instancias de las dos proteínas (los bloques de construcción LEGO). Cualquier idea que relacione simetría, transformaciones y teoría de grupos para crear estructuras será bienvenida.
Aclaración :
Dado un punto de unión entre 2 proteínas, ¿qué software puedo utilizar para crear los dímeros en macroestructuras como en LEGO, es decir, sólo replicando, traduciendo y rotando las piezas de Lego?
