En general, el cianoacrilato (formado por monómeros de moléculas de cianoacrilato) es una resina acrílica que polimeriza rápidamente en presencia de agua (en concreto, iones hidróxido), formando cadenas largas y fuertes que unen las superficies adheridas. Dado que la presencia de humedad provoca el fraguado del pegamento, la exposición a niveles normales de humedad en el aire hace que comience a formarse una fina piel en cuestión de segundos, lo que ralentiza enormemente la reacción. Por eso, el cianoacrilato se aplica en capas finas, para que la reacción se produzca rápidamente y se forme una unión fuerte en un tiempo razonable.
En resumen, para iniciar la reacción se necesita agua las cosas húmedas se pegan mejor y más rápido que las secas y el pegamento se endurece más rápido en un día húmedo.
En el algodón, que está hecho de celulosa, un polímero de moléculas de azúcar, hay montones y montones de grupos hidroxi (-OH o alcohol), que pueden iniciar la reacción del mismo modo que lo hace el agua, sólo que al haber muchos pueden iniciar muchas más reacciones a la vez.
Como la reacción desprende calor, el bastoncillo de algodón se calienta (y a medida que se calienta, la reacción se acelera, etc.), y puede calentarse lo suficiente como para incendiarse.