Supongo que esto es así porque, a mi entender, en este momento concreto el lado del condensador conectado a la resistencia debería contener carga negativa.
El comportamiento observable externamente del condensador depende del cargo neto almacenado en él. La distribución interna de la carga entre las placas es un "detalle de implementación". En una primera aproximación, no influye en el comportamiento del condensador.
La tensión en el condensador es proporcional a la carga neta almacenada, y el factor de proporcionalidad es el recíproco de la capacitancia. 1F = 1C/1V, por definición.
Como el condensador se descarga inicialmente, la tensión a través de él debe ser cero, ya que la carga neta es cero. Por supuesto, esto no significa que no haya portadores de carga en el interior del condensador: los hay, pero su influencia en el potencial de campo eléctrico (¡tensión!) entre las placas es igual a cero.
Equivalentemente, un condensador descargado actúa instantáneamente como un cortocircuito: una fuente de tensión puesta a 0V, por definición. Esto responde a tu pregunta de por qué la tensión "atraviesa" el condensador. Cuando está descargado, la tensión a través del condensador es cero, por lo que el potencial a ambos lados del condensador debe ser igual : eso es lo que voltaje cero significa ¡! La tensión es la diferencia de potencial del campo eléctrico entre dos puntos. Un condensador descargado mantiene el mismo potencial a ambos lados del mismo. Por lo tanto, la tensión "pasa a través". O, más claramente, el campo eléctrico lo atraviesa sin cambio de potencial. Una vez que la carga neta del condensador es distinta de cero, se produce un cambio "escalón" en el potencial del campo eléctrico visto desde el exterior de las placas. Internamente, el potencial de campo cambia de forma continua.
La única forma de cambiar la tensión en el condensador es cambiando su carga neta, y para ello debe circular una corriente. Por lo tanto, en cualquier momento, un condensador es sólo una fuente de tensión, con el tarifa de cambio de tensión proporcional a la corriente instantánea e inversamente proporcional a la capacitancia. Pero, como estamos viendo un punto en el tiempo, hay un voltaje instantáneo definido a través del condensador, y en ese momento actúa como si fuera una fuente de voltaje.
Para el análisis estático de CC, como se hace en SPICE por ejemplo, la tensión de origen por defecto en los condensadores se establece en cero, pero no tiene por qué ser así - puedes establecerla en lo que creas que se ajustará mejor al punto de funcionamiento del circuito, para acelerar la convergencia de la solución.