He estado tratando de crear estructuras 3D de tirosina unida (y otros aminoácidos, sólo que la tirosina es el que me ocupa en este momento) utilizando la estructura de Zwitterions que se encuentra dentro de los archivos PDB y para hacer esto necesito saber qué significa C-OXT (que se encuentra dentro de los grupos funcionales carboxilato) en los archivos PDB ya que esto me ayudará a decidir qué oxígeno en los grupos carboxilato debe ser representado con el doble enlace del carbono asociado y cuál debe tener el enlace simple. El otro oxígeno del grupo carboxilato se denomina simplemente C-O en el archivo PDB.
Respuesta
¿Demasiados anuncios?
Las convenciones de denominación de átomos en el archivo PDB requieren que en el extremo C-terminal de una proteína uno de los oxígenos de carboxilato se denomine O y el otro se llama OXT . Pero como se trata de un grupo carboxilato desprotonado, ambos son químicamente equivalentes, y es de esperar que las longitudes de enlace sean iguales.
