Estoy intentando especificar una fórmula para un modelo lineal de efectos mixtos (con lme4 ) para mi diseño experimental, pero no estoy seguro de estar haciéndolo bien.
El diseño: básicamente estoy midiendo un parámetro de respuesta en plantas. Tengo 4 niveles de tratamiento y 2 niveles de riego. Las plantas están agrupadas en 16 parcelas, dentro de cada parcela muestro 4 subparcelas. En cada subparcela tomo entre 15 y 30 observaciones (dependiendo del número de plantas que haya). Es decir, hay un total de 1500 filas.
Inicialmente, el nivel de subparcela sólo estaba aquí a efectos de muestreo, pero pensé que me gustaría tenerlo en cuenta en el modelo (como variable de 64 niveles) porque vi que había mucha variabilidad de una subparcela a otra, incluso dentro de la misma parcela (mayor que la variabilidad entre parcelas enteras).
Mi primera idea fue escribir:
library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)o
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)¿Es correcto? No estoy seguro de si debo mantener ambos niveles de trazado/subtrazado en mi fórmula. Ningún efecto fijo es significativo, pero los efectos aleatorios son muy significativos.
