He resuelto el problema afirmativamente al menos para conjuntos de reales.
Teorema. Todo conjunto de reales admite una relación binaria rígida (sin utilizar el axioma de elección). Equivalentemente, todo conjunto de reales es el conjunto de vértices de un grafo dirigido rígido.
Prueba. Supongamos que A es un conjunto de reales. Podemos considerar libremente que A es un subconjunto del espacio de Cantor 2^omega. Vamos a dividirlo en varios casos.
Caso 1. A es contable. Este es el caso fácil, ya que podemos simplemente imponerle una estructura rígida haciéndolo un orden lineal isomorfo a omega (o un orden lineal finito si A es finito).
Caso 2. A es incontable, pero A tiene un subconjunto contablemente infinito. Fijemos tal subconjunto Z={z_0, z_1, ...} y fijemos un punto z* en A-Z. Para cada secuencia binaria finita s, sea U_s la vecindad en 2^omega de todas las secuencias que extienden s, de modo que U_s(x) si x extiende s. Claramente, la estructura (A,U_s)_s es rígida, puesto que si se mueve cualquier punto x en A a otro punto, se moverá fuera de alguna vecindad U_s en la que estaba anteriormente. Ahora reducimos esta estructura a una relación binaria. Sea R una relación sobre A que coloca todos los z_n por debajo de z*, ordenados como omega, y hace que R(z*,z*) sea verdadera. A continuación, enumeramos las secuencias binarias finitas como s_0, s_1, etc., (esto no requiere AC). Definimos R(x,y) si x=z_n para algún n, y no es z_m para cualquier m, y no es z*, y U_{s_n}(y). Es decir, la primera coordenada le da algunos z_n, y por lo tanto algunos s_n, y luego se utiliza esto para determinar qué predicado de vecindad para aplicar a y, pero sólo hacemos esto para y fuera de Z unión {z*}. Afirmo que la estructura (A,R) es rígida. La razón es que z* y los reales z_n son definibles en la estructura (A,R), y por tanto están fijados por todos los automorfismos. (El real z* es el único tal que R(z*,z*), y los z_n son los únicos predecesores de z* wrt R.) Puesto que cada z_n es fijo, se deduce que cada automorfismo debe respetar la vecindad U_{s_n} intersecar A, y por lo tanto fijar todos los reales. Así que no hay automorfismos no triviales.
Caso 3. Raro A. El único caso restante se da cuando A es incontable, pero no tiene ningún subconjunto contablemente infinito. (Se deduce que A será Dedekind finito, pero no finito.) En este caso, cada permutación de A consistirá en órbitas disjuntas de longitud finita, ya que si hubiera una órbita infinita, entonces podríamos construir un subconjunto contablemente infinito de A iterándolo. Pero si toda permutación de A es así, entonces A no tiene permutaciones que respeten el orden lineal habitual < de los reales. Por lo tanto, (A,<) es rígido. QED
En particular, no es cierto que el contraejemplo habitual a AC en los modelos de forzamiento simétrico sea un contraejemplo a esta cuestión de rigidez. Esos conjuntos son conjuntos de reales, y este argumento muestra que tienen relaciones binarias rígidas, sin ser bien ordenables.
No estoy seguro de hasta dónde se puede extender esta idea. ¿Qué tal subconjuntos de 2^kappa para cualquier kappa cardinal? Creo, sin embargo, que incluso esto todavía no dará una respuesta positiva completa para todos los conjuntos.