Utilicé el lmer
en la función lme4
para evaluar los efectos de 2 efectos fijos categóricos (1º Grupo animal: roedores y hormigas; 2º Microhábitat: suelo desnudo y cubierto) sobre la depredación de semillas (una variable dependiente de recuento). Tengo 2 sitios, con 10 árboles por sitio y 4 estaciones de semillas por árbol. El lugar y el árbol son mis factores (filosóficamente) aleatorios, pero dado que sólo tengo dos niveles para el lugar, debe tratarse como un factor fijo. Tengo preguntas sobre cómo interpretar los resultados:
- Hice un criterio de selección de modelos basado en QAICc, pero el mejor modelo (QAICc más bajo) no da lugar a ningún efecto fijo significativo y otros modelos con QAIC más alto (por ejemplo, el modelo completo) sí encontraron factores fijos significativos. ¿Tiene esto sentido?
- Dado un factor fijo que es importante para el modelo, ¿cómo distingo qué nivel del factor fijo influye en la variable de respuesta?
Por último, la correlación entre los factores fijos implica una estimación incorrecta del modelo?
FullModel=lmer(SeedPredation ~ AnimalGroup*Microhabitat*Site + (1|Site:Tree) +
(1|obs), data=datos, family="poisson")
QAICc(FM)104.9896
enterGeneralized linear mixed model fit by the Laplace approximation
Formula: SP ~ AG * MH * Site + (1 | Site:Tree) + (1 | obs)
Data: datos
AIC BIC logLik deviance
101.8 125.6 -40.9 81.8
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
obs (Intercept) 0.20536 0.45317
Site:Tree (Intercept) 1.19762 1.09436
Number of obs: 80, groups: obs, 80; Site:Tree, 20
Fixed effects:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) 0.01161 0.47608 0.024 0.9805
AGR -18.97679 3130.76500 -0.006 0.9952
MHUC -1.60704 0.63626 -2.526 0.0115 *
Site2 -0.91424 0.74506 -1.227 0.2198
AGR:MHUC 19.92369 3130.76508 0.006 0.9949
AGR:Site2 1.02241 4431.84919 0.000 0.9998
MHUC:Site2 1.80029 0.86235 2.088 0.0368 *
AGR:MHUC:Site2 -3.49042 4431.84933 -0.001 0.9994
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Correlation of Fixed Effects:
(Intr) AGR MHUC Site2 AGR:MHUC AGR:S2 MHUC:S
AGR 0.000
MHUC -0.281 0.000
Site2 -0.639 0.000 0.180
AGR:MHUC 0.000 -1.000 0.000 0.000
AGR:Site2 0.000 -0.706 0.000 0.000 0.706
MHUC:Site2 0.208 0.000 -0.738 -0.419 0.000 0.000
AGR:MHUC:S2 0.000 0.706 0.000 0.000 -0.706 -1.000 0.000 code here
BestModel=lmer(SP ~ AG * MH + (1|Site:Tree) + (1|obs), data=datos,
family = "poisson")
QAICc(M) 101.4419
Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation
Formula: SP ~ AG + AG:MH + (1 | Site:Tree) + (1 | obs)
Data: datos
AIC BIC logLik deviance
100.3 114.6 -44.15 88.3
Random effects:
Groups Name Variance Std.Dev.
obs (Intercept) 0.76027 0.87194
Site:Tree (Intercept) 1.14358 1.06938
Number of obs: 80, groups: obs, 80; Site:Tree, 20
Fixed effects:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -0.5153 0.4061 -1.269 0.205
AGR -18.7146 2603.4397 -0.007 0.994
AGA:MHUC -0.7301 0.5045 -1.447 0.148
AGR:MHUC 17.7221 2603.4397 0.007 0.995