Sí. La intersección de los conjuntos de valores de $x^2$ y $x^3+x$ es finita. Esto se debe a que la curva elíptica $$ y^2=x^3+x $$ solo tiene un número finito de puntos con coordenadas enteras (creo que esto se cumple para todas las curvas elípticas).
En este caso particular, también podemos argumentar directamente. Como $x$ y $x^2+1$ son coprimos, su producto es un cuadrado, si y solo si ambos son cuadrados. Lo último es obviamente un cuadrado solo si $x=0$.
Así que $S_{x^2}\cap S_{x^3+x}=\{0\}$.
Si $0\notin\Bbb{N}$ para ti, entonces $y^2=x^3+4x$ también debería funcionar y darte $S_{x^2}\cap S_{x^3+4x}=\{(0),16\}.$