Una onda cuadrada puede considerarse como la suma de los armónicos Impares de una misma frecuencia.
Se puede generar una onda cuadrada sumando varias ondas sinusoidales.
También se puede generar una onda cuadrada simplemente conectando y desconectando la alimentación a la frecuencia primaria de la onda cuadrada.
En cualquier caso, el espectro tendrá el mismo aspecto.
No se puede saber cómo se generó una onda cuadrada mirando el espectro.
El simple hecho de encender y apagar la corriente genera la frecuencia primaria, pero también genera los armónicos.
Su espectro muestra tanto armónicos pares como Impares.
Los armónicos pares son un artefacto de distorsión procedente de tu micrófono o del amplificador del micrófono. Demasiada ganancia o el micrófono demasiado cerca del altavoz. Alternativamente, la señal del 555 causó distorsión en el altavoz.
En cualquier caso, sólo deberías ver armónicos Impares (2,5kHz, 7,5kHz, 12,5kHz, etc.) para una onda cuadrada de 2,5kHz. Los armónicos pares (5kHz, 10kHz, etc.) no forman parte de la onda cuadrada.
Conecta la salida 555 a la entrada de línea de tu PC. Puede que necesites utilizar un divisor de tensión para reducir el nivel.
Eso debería ser más limpio, y más cercano a una onda cuadrada sin distorsión.
Baudline (el analizador de espectro que estás utilizando) tiene una vista de osciloscopio. Utilízala para comprobar si tu onda cuadrada está distorsionada. Comprueba la señal del altavoz y del micrófono, así como la conexión directa al 555.