Esta no será una respuesta canónica, sino sólo algunas de mis experiencias. Un verdadero archivero podrá darle una respuesta más completa.
PAPEL: El papel es un soporte complicado, tanto si guardas mapas como si tienes una biblioteca de libros. Los problemas de degeneración se agravan en el caso de los mapas, ya que el clima no sólo puede provocar la degeneración del papel, sino también su deformación (alabeo, encogimiento, ondulación, arrugas, expansión, etc.), lo que provocará que los mapas sean inexactos. Por lo tanto, en el caso del papel, escanea lo antes posible y, si necesitas una copia impresa, transfiérela a mylar lo antes posible como copia de seguridad y digitaliza a partir del mylar. Manipule el papel lo menos posible y no lo guarde en armarios de madera (la acidez dañará el papel). Almacenamiento con lignina para sustratos cartográficos con lignina = FRACASO (con el tiempo, ¡tardará unos años!).
Digitalizar: ¡Basta ya! No hace falta que vuelvas a manipular el original (con suerte) y es la manipulación lo que provoca el 99% de los daños.
Mylar: Este es el material tradicional y teníamos montones de mapas de papel copiados al material. Sin embargo, tampoco es perfecto. Nosotros guardamos los nuestros en cartucheras metálicas verticales, esto es mejor que en plano (me han dicho) PERO, hay que reforzar los agujeros donde van los mapas en las perchas. Nuestros baúles eran como archivadores gigantes de palanca con múltiples agujeros. Con mucha manipulación, los agujeros se rasgarán, los mapas caerán al fondo del baúl e incluso el mylar puede arrugarse, rasgarse, etc.
Lápiz, tinta, etc: Todo se desvanece, especialmente sobre el papel. El viejo adagio de guardar en un lugar fresco y oscuro es lo mejor que se puede hacer.
Colgado, tumbado, enrollado o plegado: Um bueno, el orden de arriba era nuestro orden de preferencia y también refleja la disminución de las necesidades de espacio (porque con los arcones colgantes no se puede almacenar cosas en la parte superior hasta el techo).
Documentación: ¿Cuántas veces he entrado en una tienda de mapas y he arrastrado la escalera hasta el rincón más alejado y polvoriento (porque ahí es donde DEBERÍAN estar los mapas) para luego recorrer la tienda a trompicones durante una hora hasta encontrar el mapa en un lugar cualquiera? Busca y aprende. Documéntalo todo, vuélvete un psicópata a la hora de registrar entradas y salidas, vuélvete retentivo a la hora de clasificar y organizar tu almacén. Todo el mundo te odiará, pero encontrarás tus mapas rápidamente sin dañar otros objetos durante la búsqueda. Parece que tienes una gran tarea de almacenamiento. Así que contrata a un bibliotecario o archivero profesional (aunque sea a tiempo parcial). Para eso están formados: ¡para catalogar cosas! No te arrepentirás. Además, informatiza el catálogo.
Sangre: Cortes de papel = sangre = manchas rojas opacas en los bordes de los mapas de papel = no puedes venderlos (nuestro problema, aunque el tuyo parece menos grave).
Fuego: Esto entra en la categoría de "cualquier otra cosa". Los aspersores matarán tus mapas tan rápido como el fuego que intentas apagar. Los cofres metálicos no son necesariamente la mejor respuesta (sorprendentemente - porque transmiten el calor al interior y las cosas pueden seguir ardiendo). La madera puede arder de forma sacrificada - pero véase la cuestión sobre la lignina más arriba... así que... No sé cuál es la respuesta porque suena como un Catch 22. Yo optaría por metal, suelos y techos de hormigón, control climático, sin ventanas y con doble puerta cortafuegos si tu colección es TAN importante; de lo contrario, acepta el hecho de que no puedes permitírtelo, consigue lo mejor que puedas y ten copias digitales en algún lugar fuera de las instalaciones.
Da la vuelta: No sé a qué se refiere, pero solíamos vender muchos de nuestros mapas almacenados. Esto significa mucho tráfico en el almacén de mapas y mucha manipulación. Piense en la ergonomía de levantar grandes hojas planas de papel de estantes altos cuando se sube a una escalera, sin rasgarlas... ahora considere qué nivel de desperdicio está dispuesto a aceptar, porque es inevitable si ese es su sistema de almacenamiento (véase 'sangre').
Finalidad del mapa: Bueno... el sentido común puede ayudar MUCHO en este caso. Guarda las cosas de mayor uso en varios ejemplares cerca de la puerta. Reserva los estantes superiores y las esquinas traseras para las cosas menos usadas. Tráfico en tu tienda = daños + cuerpos calientes y sudorosos con dedos pegajosos. Limita los posibles daños.
Me estoy quedando sin mis observaciones empriciales.