Atmel Studio 6 proporciona la Marco de software Atmel que es un enorme, aunque hinchado, conjunto de librerías para todas las configuraciones de hardware que Atmel ofrece. Atmel ha hecho un buen trabajo usando doxygen en estas librerías, así que puedes encontrar un conjunto de documentación bastante completo aquí .
El ASF está bastante bien integrado en el IDE con algunos proyectos de ejemplo en C que deberían funcionar desde el primer momento (suponiendo que estés utilizando un dev kit o cualquier otro hardware compatible).
En Documentación de avr-Libc es también una gran fuente de información sobre este tipo particular de C. El resto es mayoritariamente sintaxis C de gcc.
Por último, aunque EE.SE es un gran sitio, para cosas específicas de AVR también puede intentar hacer una pregunta en AVR Freaks . Creo que la documentación de ASF es relativamente autoexplicativa, pero para cosas como la configuración del proyecto y los problemas de la cadena de herramientas, ese sitio es probablemente su mejor apuesta.