Te has equivocado $f(x,y)$ . Para calcular el área utilizando su fórmula, la función correcta es $$f(x,y)=\begin{cases}1,x^2+y^2\le 1\\0,\textrm{otherwise}\end{cases}$$ Entonces puedes reescribir tu integral como $$\int_{-1}^1dx\int_{-\sqrt{1-x^2}}^{\sqrt{1-x^2}}dy$$ ¿Puedes seguir desde aquí?
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Te preguntabas cómo funcionan las integrales dobles. La intuición básica sería decir que sirven para calcular volúmenes, partiendo de la proyección de un objeto 3D sobre un plano, y conociendo la altura en la dirección perpendicular al plano. Entonces dividimos el objeto en una serie de cuboides, con la base $\Delta x$ , $\Delta y$ y altura $f(x,y)$ . Entonces el volumen es $$V=\sum_D \Delta x\Delta y f(x,y)$$ Aquí $D$ es la proyección en el plano xy. Si queremos que sea exacta, elegimos el límite donde $\Delta x, \Delta y\to 0$ y la integral doble es sólo una notación para eso: $$V=\iint_Df(x,y) dx dy$$ Entonces, ¿cómo se puede utilizar esta fórmula para calcular el área? Sólo tienes que elegir la altura $1$ por lo que el volumen es entonces $$V=\iint_D1 dxdy=1\iint_D dx dy=1\cdot A$$ donde $A$ es la superficie. Tenga en cuenta que elijo $1$ es la altura sobre el dominio $D$ para el que calculo el área. Pero si $D\subset D'$ puedo escribir la misma integral como $$V=\iint_{D'} f(x,y) dx dy$$ donde $$f=\begin{cases}1, (x,y)\in D\\0, (x,y)\in D\setminus D'\end{cases}$$