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Modelo mixto con variable de respuesta categórica

En un estudio sobre una especie de ave, observo 558 localizaciones. A cada localización se le asigna uno de 4 casos:

  1. nunca ocupado por la especie (nunca)
  2. ocupado en el pasado pero abandonado ahora (pasado)
  3. ocupados en el pasado y ahora (siempre)
  4. no ocupado en el pasado, pero ocupado ahora (actual)

Dispongo de un conjunto de variables explicativas (clima y estructura del paisaje). Una versión simplificada de los datos es la siguiente:

>bird.data
location_ID   case     region  temperature  forest.coverage
1             current  A       7.6          33
2             always   A       8.1          65
3             current  B       7.4          82
4             never    A       9.0          11
5             always   C       6.8          22
6             past     A       8.1          46
7             past     B       7.8          51
8             current  C       7.9          52
...           ...      ...     ...          ...

En R, quiero comprobar si las variables explicativas tienen un efecto sobre la presencia pasada y actual de las especies de aves. Para empezar, quiero calcular la glmm univariante utilizando el método lme4 -paquete. region se supone que actúa como un factor aleatorio. De forma similar al anova, espero que esto pueda ayudar a mostrar si los cuatro grupos difieren en sus variables explicativas.

Yo intentaría algo como lmer(case~temperature + forest.coverage + (1|region), data=bird.data) Sin embargo, no estoy familiarizado con el modelado de variables de respuesta categóricas. ¿Existe alguna regla a seguir? Especialmente: ¿por dónde puedo empezar para determinar una familia útil para mi caso?

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Joachim Puntos 61

Esto no es una respuesta directa a mi pregunta de hace casi 3 años. Sin embargo, descubrí que no hay una buena manera de utilizar un glmm "normal" para este caso. En su lugar, opté por modelos de ocupación dinámicos en los que la variable de respuesta consta de dos vectores, uno para la ocupación "histórica" y otro para la ocupación "reciente" de la parcela. Encontrará más información sobre este tema aquí: https://cran.r-project.org/web/packages/unmarked/unmarked.pdf

Sin embargo, seguía existiendo una limitación: hasta ahora, no había podido averiguar cómo tratar la autocorrelación espacial en estos modelos.

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