Intento comprender el requisito de distancia para que se produzca el enlace de hidrógeno (más concretamente en el contexto del plegamiento de proteínas). Tiene que haber un átomo donante y otro aceptor para que se produzca el enlace. ¿Cuál es el rango de distancias entre estos átomos en el que se puede decir que es probable que se produzca un enlace de hidrógeno cuando el polipéptido se encuentra en un medio acuoso? ¿Es específico del par de elementos?
Respuesta
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Probablemente encontrará toda esta información en el libro de texto de bioquímica. Para que te hagas una idea, en las proteínas, típicamente; la distancia H..O de las hélices alfa es de 2,06 Angstrom, y la N..O, de 2,99. En las láminas beta (paralelas) H--O 1,97, N--O 2,29 y en las láminas antiparalelas, H--O 1,96 y N--OI 2,91. Estos enlaces H no son lineales, por ejemplo C=O..H-N típicamente 150 a 160 grados para el ángulo COH o NHO.
En el emparejamiento de bases Watson-Crick en el ADN, (pares C-G) las distancias lineales de enlace H son $\mathrm{N_4-(H)-O_6}$ 2.91, $\mathrm{N_3-(H)-N_1}$ 2,95, y $\mathrm{O_2-(H)-N_2}$ 2.86.
