La respuesta a la pregunta del título es "sí". Esto se demuestra, por ejemplo ici o ici (página 5).
Sin embargo, parece que puedo construir un contraejemplo. ¿Puede ayudarme a encontrar el fallo en mi argumento?
Sea $E$ sea una curva elíptica, digamos sobre $\mathbb C$ . Entonces $E-\{0\}$ es el espectro de un dominio Dedekind $R$ y tiene grupo de clase isomorfo a $E(\mathbb C)$ . (Porque $\mathrm{Cl}(E)=E(\mathbb C)\times \mathbb Z$ y $\mathrm{Cl}(E-\{0\})$ es el cociente de $\mathrm{Cl}(E)$ por el subgrupo cíclico generado por $[0]$ .) Ahora el grupo de clase de $\mathrm{Spec}(R)$ no es más que el grupo de clase ideal de $R$ . Tomemos un punto de no torsión de $E$ considerado como un ideal primo $\mathfrak{p}$ de $R$ . Afirmo que $S:=\mathrm{Spec} (R)-\{\mathfrak{p}\}$ no es afín.
Sea $T=\Gamma (S,\mathcal O_S)=\{ {{a}\over{b}}\in Q(R) |b\notin \mathfrak{q}\in \mathrm{Spec}(R),\mathfrak{q}\neq \mathfrak{p}\}$ . Demostraré que $T=R$ . Basta con demostrar que cada elemento $x\in \mathfrak {p}$ también está contenido en algún ideal primo distinto de $\mathfrak p$ . Si no fuera así, entonces el ideal principal $(x)$ sería igual a $\mathfrak{p}^n$ para algunos $n$ por la descomposición prima única de ideales en dominios Dedekind. Pero la imagen de $\mathfrak{p}$ en el grupo de clase ideal es un elemento de no torsión, por lo que ninguna potencia de $\mathfrak{p}$ puede ser un ideal principal. Por lo tanto $T=R$ y $S\neq\mathrm{Spec}(R)=\mathrm{Spec}(T)$ y, por tanto $S$ no es afín.
( $S$ y $\mathrm{Spec}(R)$ son realmente no isomorfas, porque por ejemplo tienen grupos fundamentales etale diferentes)