Trazado de un mapa de calor basado en la agrupación en R

Question

  id       sam1  sam2  sam3  sam4
 gene1       33    23    88    98
 gene2        0     0    99    95
 gene3       77   100    44    65
 gene4        0     0     0     0
 gene5      100   100   100   100
  :
  :
 gene20000   58    33    78    56

Tengo 20K genes (filas) y cuatro muestras (columnas) que se da en porcentaje. Cada gen es común a cuatro muestras. La hipótesis es que si un gen está presente en el 100% de una muestra, se dice que está presente en esa muestra, y si está ausente en el 0%. (Por ejemplo, el gen3 está presente en la muestra2 (sam2) y el gen4 está ausente en todas las muestras).

Como tengo 20K genes, me gustaría hacer la técnica de clustering. ¿Puedo hacer biclustering y producir un mapa de calor? Si es así, por favor, hágamelo saber cómo hacerlo en R?

Answer 1

Prueba el Paquete pheatmap . El enlace incluye código de ejemplo e imágenes para agrupar y mostrar datos genéticos. Puede aplicar diversos métodos de agrupación a sus datos antes de mostrarlos.

Con sólo

library(pheatmap)
pheatmap(mat)

y tendrás muchas opciones para ajustar los parámetros de visualización y agrupación si los predeterminados no te convienen.