Dado que estás realizando el experimento mental de todos modos, hay al menos dos consideraciones de ingeniería importantes que limitan esto de manera más severa que las aceleraciones que los seres humanos pueden soportar (lo cual es trivialmente resoluble con robots de todos modos):
(1) Las necesidades de energía serían enormes. ¿Qué porcentaje de la masa total tendría que ser combustible para suministrar la energía suficiente para acelerar y desacelerar la carga útil 36 años luz a cualquier aceleración que valga la pena? No he hecho los cálculos, pero el caso de ingeniería es desafiante: (combustible+cohete+carga útil) todos necesitan ser acelerados, el combustible puede disminuir a medida que avanzas, y tal vez el cohete también lo sea si tienes una nave espacial por etapas. ¿Es siquiera posible, dadas las limitaciones de resistencia de cualquier material conocido, tener una carga útil del tamaño de unos pocos humanos y de soporte vital, un cohete lo suficientemente grande como para albergar eso y el combustible, y hacer que las ecuaciones funcionen? Eso bien podría ser el factor limitante para el vuelo interestelar, independientemente de la tecnología.
(2) Si vas lo suficientemente rápido, incluso un micrometeorito del tamaño del polvo causaría daños fatales. Creo que he leído en algún lugar que el 10% de la velocidad de la luz hace que impactar contra un grano de polvo sea como una bomba nuclear. Así que puede haber un "límite de velocidad" mucho más bajo que la luz, por encima del cual simplemente sería demasiado peligroso viajar.
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Acabo de intentar un cálculo newtoniano ingenuo que involucra acelerar a $g$ durante la mitad del viaje, luego girar la nave y desacelerar a $g$. Terminé yendo más rápido que la luz, así que este debe ser un cálculo relativista. En resumen, probablemente podrías acercarte a $c$, en cuyo caso el viaje tomaría un múltiplo pequeño de 36 años.
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Usted no permitió tiempo para repostar, cambiar el aceite, y demás. Pronostico que esas cosas al menos duplicarán su tiempo de tránsito y eso no incluye considerar la construcción y otros imprevistos. Le recomiendo que se quede en casa.
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Acelerando a g y girando tu nave espacial a la mitad de tu viaje te llevará a la Luna en 3 horas y a Marte en 2 a 3 días.