Si estoy leyendo bien, creo que su pregunta principal es:
¿Por qué sólo un pequeño porcentaje de la masa en reposo se convierte en energía [incluso en el caso de la fusión]?
Se debe a que el universo es muy estricto con un pequeño conjunto de reglas de conservación, y ciertas combinaciones de estas reglas hacen que la materia ordinaria sea extremadamente estable. Exactamente por qué estas reglas se cumplen tan estrictamente en algunos casos, y menos en otros, es algo que se observa experimentalmente. Pero es bueno que existan estas reglas de conservación, pues de lo contrario posiblemente no estaríamos aquí hablando de ellas. En el mejor de los casos, el universo no sería más que una enorme bola de energía libre sin estructura.
En la mayoría de los casos, estas leyes de conservación se expresan como pares de propiedades que se anulan mutuamente. Sin embargo, cada una de estas propiedades emparejadas en aislamiento es extremadamente estable y no puede simplemente "deshacerse" o eliminarse de nuestro universo. Ejemplos: la carga eléctrica, para la que se pueden crear cantidades iguales de carga positiva y negativa. juntos El momento lineal, para el que Newton identificó un binomio de conservación al observar que "para cada reacción hay una reacción igual y opuesta"; y el momento angular, en el que un ejemplo de binomio se produce si intentas girar demasiado rápido mientras estás sentado en un asiento giratorio, lo que puede hacer que el asiento gire en la dirección opuesta a la que pretendías.
Las partículas que componen la materia ordinaria están sujetas a algunas reglas de conservación adicionales más sutiles que describen la estructura matemática de las partículas. Estas reglas están cubiertas por el Modelo estándar de la física de partículas, pero desgraciadamente son no está expresado de forma fácil de entender .
No obstante, intentaré utilizar una analogía geométrica algo arriesgada para explicar el impacto neto de las estructuras matemáticas conservadas del Modelo Estándar. Tomemos una varilla corta y enrollemos un cierto número de bucles de alambre a su alrededor en forma de hélice, fijando los extremos para que no puedan deslizarse. La estructura resultante es zurda o diestra, dependiendo de cómo hayas enrollado el alambre. Fíjate también en que, a falta de desenrollarlo, la dirección de enrollado (derecha o izquierda) del alambre se ha convertido en una característica permanente de lo que has creado, en el sentido de que no puedes eliminarla salvo desenrollándolo explícitamente.
Ahora coloque dos de estas varillas una al lado de la otra, una con la bobina a la izquierda y la otra con la bobina a la derecha, soldando los extremos de los cables donde se tocan. Ahora tienes una situación bastante diferente, ya que si tiras con fuerza de los extremos de esta nueva bobina combinada, las dos bobinas se cancelarán y el cable se volverá recto . Sus dos "estructuras" (bobinado izquierdo y derecho) se han anulado mutuamente.
Por desgracia, en el Modelo Estándar no se encuentran estructuras tan sencillas. Sin embargo, podría decirse que una idea similar se aplica también allí, aunque de forma más abstracta.
Es decir, una partícula de materia ordinaria del modelo estándar también está "atrapada" en una estructura abstracta que no puede deshacerse sin acceder antes a una estructura "imagen especular" en una partícula por lo demás similar. Al igual que la bobina de alambre alrededor de una varilla, esta propiedad estructural abstracta de cada partícula de este tipo se conserva mientras las partículas permanezcan aisladas unas de otras. Pero cuando estas partículas que anulan la estructura se encuentran, la masa en reposo de ambas puede liberarse y la ecuación $E=mc^2$ es plenamente aplicable.
Las partículas con estructuras que se anulan matemáticamente se denominan, apropiadamente, antipartículas y en grandes cantidades forman antimateria . Por lo tanto, también se podría decir que la masa en reposo está igual de "disponible" para $E=mc^2$ utilizar como cualquier otra forma de energía potencial, sino que la curiosa falta de grandes cantidades de antimateria en el universo visible acaba protegiendo la masa en reposo de la materia ordinaria en la mayoría de las circunstancias.