Cuando se mide la avidez, ¿se debe utilizar la concentración de ligando o la concentración de nanopartículas?

Question

Si se observa la avidez entre un ligando-receptor, se está viendo un aumento de la $K_d$ en comparación con un ligando solitario.

¿Es más apropiado comparar el $K_d$ ¿utilizando la concentración del ligando "libre" o la concentración del complejo libre?

Utilizar el ligando es impar en los regímenes más bajos, ya que la eficacia del ligando es bastante baja, pero utilizar la nanopartícula cambia la forma de calcular la concentración efectiva. He visto artículos que hacen ambas cosas y tengo curiosidad por saber cuál es la más apropiada/correcta.

Answer 1

En el caso de que no haya cooperatividad entre los eventos de unión, la Ecuación de Scatchard es la solución generalizada para la unión de múltiples ligandos a una macromolécula. El gráfico de Scatchard utiliza la concentración de ligando libre.

Existen múltiples modelos para abordar unión cooperativa . En Ecuación de Hill es el más frecuente en la literatura bioquímica: $$ \theta = \frac{[L]^n}{K_d+[L]^n} $$ Dónde $[L]$ es la concentración de ligando libre, $\theta$ es la fracción del complejo ligando-receptor unido, $K_d$ es la constante de disociación aparente, y $n$ es el coeficiente de Hill, que describe la cooperatividad.