Un variedad clásica es un espacio que localmente se parece a $\mathbb{R}^n$; o, a través de resultados como el teorema de incrustación de Whitney, un subespacio adecuadamente agradable de algún $\mathbb{R}^N$. Si "parecerse a" implica alguna noción de suavidad, por ejemplo, entonces podemos expandirnos en la geometría diferencial y hablar sobre construcciones como espacios tangentes y formas diferenciales. Si nos atenemos solo a la continuidad, entonces aún podemos trabajar con algunas construcciones como homología y cohomología (simplemente no, por ejemplo, la cohomología de de Rham), y podemos tratar con espacios más patológicos y funciones entre ellos.
Entonces, una pregunta natural es qué tiene de especial $\mathbb{R}^n$. Podemos considerar espacios que localmente se parecen a un espacio de Banach arbitrario, por ejemplo. (No creo que este sea un enfoque particularmente popular, al menos, a nivel de pregrado/primer ciclo de posgrado, pero Abraham, Marsden y Ratiu trabajan en esta categoría). El punto de partida de la geometría algebraica es querer tratar con espacios sobre un anillo conmutativo arbitrario. No está claro cómo la continuidad o suavidad deberían mapearse en este caso, pero al menos los polinomios tienen sentido sobre un anillo arbitrario, y podemos ver el espacio como $V(f) = \{x\in k^n:\, f(x) = 0\}$ para un polinomio $f\in k[X_1, \dots, X_n]$. Pero eso tampoco es exactamente lo que queremos; para el caso importante de $k$ finito, por ejemplo, $V(f)$ es solo una colección finita de puntos.
La analogía que resulta ser válida consiste en ir en dirección opuesta e intentar generalizar la idea de funciones en una variedad. Con ese fin, la geometría algebraica trabaja con espacios localmente anillados, que son pares $(X, \mathcal{O}_X)$ con $X$ un espacio topológico y $\mathcal{O}_X$ un haz de anillos en $X$ que satisfacen propiedades aproximadamente análogas a lo que esperarías, por ejemplo, para funciones suaves en una variedad. En términos generales, lo que obtienes es un espacio que localmente se parece al espectro de un anillo conmutativo, pero a diferencia del caso de las variedades reales, ese anillo puede variar a lo largo del espacio. Eso es admitidamente una analogía vaga, y se necesitan muchos resultados técnicos para siquiera hablar sobre el objeto resultante. Pero si estás familiarizado con los haces vectoriales, por ejemplo, entonces considera el Teorema de Swan: Para una variedad suave, conectada, cerrada $X$, el funtor de secciones $\Gamma(\cdot)$ da una equivalencia entre haces vectoriales sobre $X$y módulos proyectivos finitamente generados sobre el anillo $C^\infty(X)$.
Entonces, ¿qué hace que este elemento algebraico que hemos construido parezca geométrico? La suavidad no tiene sentido fuera de $\mathbb{R}^n$, pero si estamos trabajando con polinomios, tienen una derivada formal que nos permite hacer algo aproximadamente igual. Más en general, un anillo local $(R, \mathfrak{m}) tiene un espacio cotangente $\mathfrak{m}/\mathfrak{m}^2$ que es aproximadamente análogo al espacio cotangente de una variedad; y con un poco de trabajo, podemos obtener algo que al menos tenga algunas de las propiedades formales que uno desearía para un espacio tangente o cotangente. Aunque la topología con la que trabajamos resulta ser mucho más complicada que en el caso de variedades (la topología de Zariski, por ejemplo, generalmente no es Hausdorff), todavía tenemos una noción de cohomología (siendo la más simple la cohomología de Čech con un haz). Hay un salto masivo en abstracción y requisitos técnicos en comparación con el caso más geométrico, pero la geometría algebraica resulta ser la extensión adecuada de la geometría más familiar al tratar con cosas como, por ejemplo, campos numéricos.
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Pensar: secciones cónicas.
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Gran pregunta, espero ver alguna respuesta realmente bien informada. Mi respuesta no tan informada es que la estructura adicional es la gavilla de funciones racionales definidas en conjuntos abiertos. Las funciones racionales tienen mucha más rigidez que las funciones suaves, por lo que hay más regularidad que en la categoría suave.
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Tu comprensión de la geometría es demasiado amplia. Prácticamente todo es una geometría debajo de ella. La geometría algebraica en su generalidad más amplia se ocupa de los polinomios y sus raíces. No es necesariamente alguna estructura adicional añadida a algo. Esto generaliza (en cierto sentido) la geometría clásica, donde las ecuaciones polinómicas sobre los números reales también desempeñan un papel importante.
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La geometría algebraica principalmente estudia variedades algebraicas (y sus generalizaciones) en sí misma. Por lo tanto, las variedades algebraicas son análogas a las variedades riemannianas y variedades simplécticas en tus ejemplos, en lugar de a las subyacentes variedades suaves. La "geometría" de las variedades suaves es la topología diferencial, hablando en términos generales, y la "geometría" de los espacios topológicos es la topología.
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Los esquemas (el objeto de la geometría algebraica) son espacios topológicos con estructura adicional. La página de wikipedia es un poco densa, pero puedes empezar por aquí es.wikipedia.org/wiki/Esquema_(matemáticas)
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Hay varios posts sobre qué es la geometría algebraica. También explican qué es la geometría dentro de ella, por ejemplo, este post y otros posts.
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Su vista de "conjunto más estructura adicional" es algo moderna. Para variedades, también puedes simplemente considerar subvariedades del espacio euclidiano, que se dan localmente como la preimagen de un valor regular de una función suave. La Geometría Algebraica (clásica) trata sobre los conjuntos de ceros de polinomios.