Sí, la energía cinética es una magnitud relativa. Como puedes suponer, esto significa que cuando utilizas la conservación de la energía, tienes que mantenerte dentro de un único marco de referencia; todo lo que la conservación de la energía te dice es que la cantidad de energía medida en cualquier un se mantiene a lo largo del tiempo. No se puede comparar de forma significativa la cantidad de energía medida en el fotograma A (por ejemplo, el suelo) con la cantidad de energía medida en el fotograma B (por ejemplo, el tren).
Sin embargo, puede convertir una cantidad de energía cinética medida en un fotograma a otro fotograma, si se conoce su velocidad relativa. Si trabajas con velocidades bajas, la forma más fácil (aproximada) de hacerlo es calcular la velocidad relativa, como has hecho. Así, si el observador del tren mide una energía cinética $K = \frac{1}{2}mv^2$ el observador en tierra medirá una energía cinética de $\frac{1}{2}m(v + V)^2$ o
$$K + \sqrt{2Km}V + \frac{1}{2}mV^2$$
(en una dimensión).
Si se alcanzan velocidades superiores, o si se desea una expresión exacta, habrá que utilizar la definición relativista de energía. En relatividad especial, la energía cinética viene dada por la diferencia entre la energía total y la "energía en reposo".
$$K = E - mc^2$$
Una forma de averiguar la regla de transformación es utilizar el hecho de que la energía total forma parte de un cuatro vector, junto con el momento relativista,
$$\begin{pmatrix}E/c \\ p\end{pmatrix} = \begin{pmatrix}\gamma_v mc \\ \gamma_v mv\end{pmatrix}$$
donde $\gamma_v = 1/\sqrt{1 - v^2/c^2}$ . Este cuatro vector se transforma bajo la transformación de Lorentz al pasar de un sistema de referencia a otro,
$$\begin{pmatrix}E/c \\ p\end{pmatrix}_\text{ground} = \begin{pmatrix}\gamma & \gamma\beta \\ \gamma\beta & \gamma\end{pmatrix}\begin{pmatrix}E/c \\ p\end{pmatrix}_\text{train}$$
(donde $\beta = V/c$ y $\gamma = 1/\sqrt{1 - \beta^2}$ ), por lo que la energía observada desde el suelo vendría dada por
$$E_\text{ground} = \gamma(E_\text{train} + \beta c p_\text{train})$$
La energía cinética se obtiene restando $mc^2$ de la energía total, por lo que obtendrías
$$K_\text{ground} = \gamma(E_\text{train} + \beta c p_\text{train}) - mc^2$$
lo que equivale a
$$K_\text{ground} = \gamma K_\text{train} + (\gamma - 1) mc^2 + \gamma\beta c p_\text{train}$$
donde $K$ es la energía cinética relativista y $p$ es el momento relativista.
Si lo quisieras sólo en términos de energía:
$$K_\text{ground} = \gamma K_\text{train} + (\gamma - 1) mc^2 + \gamma\beta\sqrt{K_\text{train}^2 + 2 mc^2 K_\text{train}}$$
Puede que empieces a notar una similitud con la expresión no relativista anterior ( $K + \sqrt{2Km}V + \frac{1}{2}mV^2$ ), y de hecho, si se introducen algunas aproximaciones que son válidas a bajas velocidades ( $\gamma \approx 1$ , $\gamma - 1 \approx V^2/c^2$ , $K_\text{train} \approx \frac{1}{2}mv^2 \ll mc^2$ ), recuperará exactamente esa expresión.