La configuración jerárquica se refiere al uso de múltiples hojas (estás haciendo eso y está perfectamente bien).
Tus redes tienen el mismo nombre, por eso Altium te advierte. Altium quiere decirte: Oye, tienes dos redes que están separadas pero tienen el mismo nombre - deberías conectarlas realmente porque si transfieres el diseño al PCB, estarán conectadas (ya que tienen el mismo nombre).
La única forma de contrarrestarlo es dándoles nombres diferentes como CAN_DISP_RX y CAN_BUTTON_RX. Esto asegurará que una vez que las transfieras al PCB, serán redes separadas (como pretendes).
Las configuraciones en las opciones del proyecto básicamente tratan de cómo necesitas conectar las señales entre sí. Jerárquico estricto te dirá que ni los Puertos ni los objetos de Potencia son globales, tendrás que conectar cada señal a través de un puerto (esto puede ser útil para diseños con múltiples secciones de potencia separadas si estás usando la función multicanal de Altium). Jerárquico es la opción predeterminada para todo lo que tiene más de una sola hoja y mantendrá los objetos de potencia globales pero todas las demás señales deben ser únicas o conectadas a través de puertos. Plano te dice que no necesitas una estructura jerárquica, pero básicamente conecta cada puerto en cada hoja con cada otro puerto en cualquier otra hoja con el mismo nombre (mientras que en la jerárquica necesitas especificar explícitamente esta conexión en una hoja superior - puedes tener varios niveles). Global es básicamente lo peor de todo, conecta todo lo que tiene el mismo nombre entre sí, sin importar si es una etiqueta de red o un puerto (en mis últimos 10 años siempre he usado Jerárquico con una sola excepción de Jerárquico estricto).
Sin embargo, estas opciones nunca afectan la transferencia de diseño de esquemático a PCB (que es donde ocurrirá tu error anterior si no asignas diferentes nombres de red).
