La forma habitual de transferir los shapefiles es comprimir todas las partes, sí, y es lo mejor que se nos ha ocurrido.
Este es uno de los problemas del formato shapefile que se soluciona con el formato GeoPackage: si tu software puede guardar o exportar tus datos a un "GeoPackage", y la persona a la que se los envías tiene un software que puede leer GeoPackages, entonces podrías utilizarlo en su lugar.
Un GeoPackage contiene todos los mismos datos que un shapefile almacena en todos los componentes de un único archivo - y va más allá en el sentido de que puede almacenar el equivalente a varios shapefiles - por ejemplo, algunas líneas, algunos puntos, algunos polígonos, algunas líneas más, algunos otros puntos - en el mismo archivo único.