La CH es una pregunta muy sutil. Para complementar las otras respuestas, explicaré brevemente por qué es tan difícil ver los efectos de la CH en las matemáticas cotidianas.
Los cardenales $\aleph_1$ y $2^{\aleph_0}$ son notablemente diferentes aunque sean sistemáticamente iguales. De hecho, no hay una forma natural de compararlas. La mera existencia de una inyección de $\aleph_1$ en $\mathbb{R}$ implica la existencia de un conjunto no medible. Así, en el modelo de Solovay (donde todos los subconjuntos de $\mathbb{R}$ son medibles) los dos cardinales $\aleph_1$ y $2^{\aleph_0}$ son incomparables. Sin embargo, la CH sigue siendo cierta en el modelo Solovay en el sentido de que no hay conjuntos con cardinalidad intermedia entre $\aleph_0$ y $2^{\aleph_0}$ .
Aunque la CH es aparentemente irrelevante para las matemáticas cotidianas, ha encontrado muchos usos y es una herramienta común en algunas ramas de las matemáticas. Especialmente en ciertas áreas del análisis funcional. Se utiliza sobre todo para construir ejemplos o contraejemplos cuando se intenta generalizar un resultado del caso separable al caso no separable. Estas construcciones suelen ser argumentos de diagonalización. Como señaló Joel, estas construcciones pueden generalizarse a menudo al caso no separable mediante el uso de axiomas de forzamiento como MA o PFA, o argumentos más afinados que implican invariantes cardinales del continuo.
El hecho es que la CH es una cuestión aparentemente invisible para la mayoría de las matemáticas. La razón más profunda de esto es que la mayoría de los objetos relevantes de las matemáticas son contables o separables. Las clases de tales objetos y las preguntas sobre ellos a menudo pueden formularse utilizando sólo cuantificadores de primer o segundo orden (es decir, utilizando la cuantificación sobre números naturales, números reales, conjuntos de números naturales, pero no la cuantificación sobre conjuntos de números reales u objetos de tipo superior) aunque la formulación natural no sea de este tipo. Suponiendo algunos axiomas cardinales grandes (lo que a menudo no es necesario) los conjuntos obtenidos de esta manera nunca pueden ser de cardinalidad intermedia entre $\aleph_0$ y $2^{\aleph_0}$ . Así, desde el punto de vista moral, la CH es prácticamente cierta para la mayoría de los objetos y cuestiones de la matemática cotidiana.
Por supuesto, esta no es toda la historia, hay ejemplos naturales de objetos que tienen tamaño $\aleph_1$ . Por ejemplo, los invariantes de Ulm en la teoría de grupos abelianos. Sin embargo, dado que los métodos que conducen a objetos de tamaño $\aleph_1$ y $2^{\aleph_0}$ son radicalmente diferentes, la diferencia entre dichos objetos suele ser notable y la cuestión de la comparación ni siquiera se plantea.
Entonces, ¿por qué la CH es una pregunta? Bueno, en todas las áreas de las matemáticas, cuando hay dos métodos completamente diferentes para construir dos objetos de tipo similar, es una pregunta completamente natural preguntar hasta dónde llega esta similitud. En este caso, tenemos dos conjuntos diferentes $\aleph_1$ y $2^{\aleph_0}$ que son ambos incontables. Compararlos es completamente natural. Lo que hace que la cuestión sea a la vez difícil e interesante es que los conjuntos no tienen esencialmente ninguna estructura, por lo que no hay formas obvias de distinguir $\aleph_1$ y $2^{\aleph_0}$ .