¿Qué conjunto termodinámico muestra la funcionalidad BOMD de Gaussian?

Question

Alguien me envió una salida de dinámica molecular de Born-Oppenheimer con la siguiente línea de configuración:

# b3lyp/sto-3g BOMD=(MaxPoints=35, Ntraj=1, Update=15, RTemp=298) guess=read geom=allcheck

Basándome en mi comprensión de la Documentación de la palabra clave BOMD En este caso, parece que la temperatura sólo se utiliza para poner energía en los modos vibracionales, que luego se utilizan para inicializar las velocidades nucleares. Dado que no se menciona un termostato en la salida o en la documentación, esto implica que los cálculos sólo se pueden ejecutar en el conjunto NVE.

¿Son correctas mis suposiciones?

Answer 1

@pentavalentcarbon: A partir de ahora (Gaussian16), creo que los cálculos BOMD sólo se pueden ejecutar en el conjunto NVE.

Sin embargo, puede hacer ADMP (también disponible con Gaussian y utiliza un esquema lagrangiano extendido), y ofrece una funcionalidad equivalente a BOMD. El termostato está disponible aquí, pero la advertencia es que sólo implementa el algoritmo simple de reescalado de la velocidad. Al realizar pruebas sencillas, esto parece ser "casi" canónico en algunos sistemas en los que he trabajado, es decir, pequeños grupos de iones y agua.