De hecho, creo que la afirmación del libro de Tong es bastante ambigua (aunque no es definitivamente falsa, como discuto a continuación). En principio no hay relación entre la posibilidad de una formulación hamiltoniana y la conservación de la energía. Un oscilador armónico con potencial $k(t)x^2/2$ admite una formulación hamiltoniana aunque $k$ depende del tiempo y, por tanto, la energía no se conserva.
Desde el punto de vista físico, este sistema se puede obtener calentando continuamente el muelle del oscilador, es decir, añadiendo continuamente energía externa al sistema. Esta es la razón por la que no se conserva. Sin embargo, existe una función hamiltoniana, la habitual $p^2/2m + k(t)x^2/2$ que produce las ecuaciones de movimiento correctas.
Otro ejemplo es un punto de material limitado a permanecer en un eje sin fricción $x$ . Este eje gira alrededor del origen $O$ con velocidad angular constante $\Omega$ en un marco de referencia inercial. El punto material no conserva su energía en el sistema de referencia inercial, porque hay que añadir energía continuamente para conservar la rotación, pero el sistema admite una formulación hamiltoniana con el hamiltoniano $H= p^2/2m - m\Omega^2 x^2/2$ .
Lo que sí es cierto es que la formulación hamiltoniana no es posible cuando hay fuerzas físicas cuyo Componentes lagrangianos cambiaría el volumen del espacio de las fases durante la evolución del sistema, violando así el teorema de Liouville. Este es el caso de las fuerzas disipativas. (Hay una excepción para los sistemas unidimensionales señalada por la respuesta de @Qmechanic, segundo punto, obtenida aprovechando un enfoque no convencional). Estas fuerzas son también un obstáculo para la conservación de la energía. Creo que el libro sólo pretendía remarcar este hecho utilizando ese "a grandes rasgos".
Sin embargo, para los sistemas macroscópicos, la energía no se conserva también debido a una dependencia temporal de algún parámetro macroscópico que describe el sistema o debido a la naturaleza de las restricciones. En estos casos, todavía es posible una formulación hamiltoniana.